国税庁は、コロナワクチンの職域接種に係る税務上の取り扱いをＦＡＱで公表しています。

法人税の取り扱い

企業が新型コロナウイルス感染症に係るワクチンの職域接種を行う場合、市町村からワクチン接種に係る業務の委託料の支払いが行われますが、接種会場施設の使用料、接種会場での備品のリース費用、接種会場での臨時スタッフの人件費など、これらの費用が市町村から支給される委託料を上回るケースも考えられます。これらの費用は、社内の新型コロナウイルス感染症の感染拡大を防止し、今後の業務遂行上の著しい支障の発生を防止するものですので、企業の業務遂行に必要な費用の負担と考えられ、法人税法上の寄附金又は交際費等には該当しないこととなります。
職域接種の対象に、従業員と同居する親族、関連会社の従業員等、取引先の従業員等、接種会場の近隣住民を追加する場合であっても、この取り扱いは同じです。

所得税の取り扱い

上記の職域接種にかかる費用が、その接種を受けた従業員に対する給与となることもありません。接種を受けた者が従業員以外の者であっても、所得税の課税対象となることはありません。
また、接種会場までの交通費を支給する場合については、職務命令に基づき出張する場合の「旅費」と同等と考えられますので、接種会場への交通費として相当な額であれば非課税となります。
さらに、役員及び従業員についてデジタルワクチン接種証明書の交付の費用を企業が負担した場合、業務遂行上必要であると認められるときは、その取得費用の負担は従業員に対する給与に該当しないとしています。

消費税の取り扱い

ワクチンの接種事業に関し、市町村と医療機関との間で委託契約を締結し、市町村から医療機関に対し委託料が支払われます。この委託料は「ワクチンの接種事業」を行うという役務の提供の対価であり、消費税の課税対象取引となります。