「12月末」の状況を申告するものです

会社勤めの方でしたら、12月の上旬ごろに経理の方に「早く年末調整の書類を出してください」とせかされたことがあるかと思います。そんな中で、提出した年末調整の内容が、12月末の状況とは異なる場合は、訂正することができます。
年末調整はその年の12月末日の状況を申告するため、書類を出した後に「子供がアルバイトを熱心にやっていたため、扶養親族から出てしまったのが発覚した」とか「生命保険料の新規契約を12月に行った」とか「離婚してひとり親控除を受けられるのを忘れていた」といったことがある場合、訂正が可能です。

訂正期限は翌1月31日？

年末調整のやり直しは翌年の1月31日までは原則可能です。この場合会社が税務署や市区町村に提出する法定調書合計表や給与支払報告書の提出期限が1月31日のため、それまでに修正を行えば問題なく、源泉徴収税額を修正すれば、通常の年末調整と同様の対応で問題ありません。
法定調書合計表や給与支払報告書を提出した後に訂正する場合は、源泉徴収票だけでなく、税務署や市区町村に提出した書類まで訂正する必要があるので手間がかかります。
法定調書の修正を紙で申告する場合の提出書類を例にしてみると
①先に提出した「法定調書」の写しの右上に「無効」と赤書きしたもの
②無効分の「合計表」の提出区分を「無効」としたもの
③正しい「法定調書」の右上に「訂正」分と赤書きしたもの
④訂正分の「合計表」の提出区分を「訂正」としたもの
を提出する必要があります。

提出期限後は確定申告で直した方が楽？

経理の集計ミスではなく、社員の方の環境の変化であれば、翌年に確定申告で扶養控除等の再計算を行い、追加納付すべき税が発生した場合は個人で納付を行えば、それで作業が完了となるため、修正をお願いするのに比べると、経理の方の心証は大分よくなるのではないでしょうか。